على الصعيد الإنساني أيضاً شجّع انصاره على تأسيس لجان الإغاثة الإنسانية للشيعه المتضررين من نظام الحكم، والتي قدمت خدمات جليلة للعوائل المستضعفة وعوائل القتلى والمعتقلين، حيث تقدم هذه المؤسسات سنوياً المبالغ الطائلة رعاية لهم. على الصعيد الثقافي اسس مؤسسة دار الحكمة التي تقوم بتخريج طلبة العلوم الدينية للمذهب الشيعي واصدار الكتب والكراسات الثقافية والدورات التأهيلية، وكذلك اسس مركز دراسات تاريخ العراق الحديث، وهي كلها مؤسسات يقوم سماحته بالإشراف عليها وتوجيهها والانفاق عليها من اجل خدمة قضايا المسلمين الشيعة في العراق. قالوا عنه [ عدل] كان محمد باقر الحكيم قد درس مبكرا عند محمد باقر الصدر الذي لقبه العضد المفدى. فتوى المرجع الشيعي الحكيم: الشيوعية كفر وإلحاد، وخلفياتها. العودة إلى العراق [ عدل] عاد إلى العراق في 10/5/2003 وقد حظيَ لدى عودته باستقبال حاشد في البصرة التي كانت مدخله إلى العراق ، ومن ثمّ في المدن والبلدات التي مرّ بها في طريقه إلى النجف الاشرف واستقر في مدينة النجف الاشرف في 12/5/2003 وبعد وصوله بأسابيع قليلة أقام صلاة الجمعة في صحن أمير المؤمنين الإمام علي بن أبي طالب ورغم كثرة مشاغله فقد واظب على إمامته لها. وكان يدعو إلى مقاومة سلمية للاحتلال وكان لا يحبّذ المقاومة المسلحة لأنّه كان يرى أنّ الشعب منهك من ظلم صدام ولذا يجب استخدام طرق أخرى وإن لم تأت بنتيجة سيكون هناك كلام آخر.
7- الشيخ ناصر مكارم الشيرازي. 8- الشيخ وحيد الخراساني. 9- السيّد محمّد علي القاضي الطباطبائي. 10- السيّد عبد الكريم الموسوي الأردبيلي. 11- السيّد محمّد مهدي الموسوي الخلخالي. 12- الشيخ أبو الفضل النجفي الخونساري. 13- السيّد عزّ الدين الحسيني الزنجاني. 14- الشيخ عبد المنعم الفرطوسي. 15- الشيخ حسين الراستي الكاشاني. من مؤلفاته: * كتاب مستمسك العروة الوثقى. * كتاب منهاج الصالحين. * كتاب حقائق الأُصول. * كتاب نهج الفقاهة. * كتاب توضيح المسائل. * كتاب دليل الناسك. * كتاب منهاج الناسكين. * كتاب تحرير المنهاج. * تعليقة على ملحقات العروة. * تعليقة على مهمات التبصرة. * تعليقة على كتاب رياض المسائل. * شرح كتاب المراح في علم الصرف. * رسالة مختصرة في علم الدراية. وفاته: توفي السيّد الحكيم قدس سره في اليوم السابع والعشرين من شهر ربيع الأوّل في عام 1390هـ ، وكان عمره عند وفاته 84 عاماً ، وقد استغرق تشييعه من بغداد إلى مدينة النجف الأشرف مدّة يومين بموكب مهيب ، ودُفن بمكتبته في مدينة النجف الأشرف. ــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ أنظر/ 1- أعيان الشيعة ج9 ص56-57.
4- حجة الإسلام السيد كاظم الحكيم. 5- حجة الإسلام السيد محمد باقر الحكيم. 6- الشهيد حجة الإسلام السيد عبد الهادي الحكيم. 7- الشهيد حجة الإسلام السيد عبد الصاحب الحكيم. 8- الشهيد حجة الإسلام السيد علاء الحكيم. 9- الشهيد حجة الإسلام السيد محمد حسين الحكيم. 10- حجة الإسلام السيد عبد العزيز الحكيم. وفاته: انتقل الى رحمة اللّه بعد عمر طويل، قضاه بالجهاد في سبيل اللّه وإعلاء كلمة الإسلام بشكل عام والمذهب الشيعي بشكل خاص، وذلك 27 / ربيع الأول / 1390 هـ، واستغرق تشييعه من بغداد إلى النجف الاشرف مدة يومين بموكب مهيب، حضره مئات الآلاف من المؤمنين، حتى كاد أن يتحول ذلك التشييع إلى انتفاضة صارخة ضد النظام البعثي في العراق، وتم دفنه في مقبرة خاصة إلى جوار مكتبته في مدينة النجف الاشرف.