الإتهامات اتهمته الحكومة اليمنية بتأسيس مراكز دينية غير مرخصة كما دأب هو وأتباعه إلى شحن الآراء المعادية لكل من أمريكا وإسرائيل وتمثل هذا في خطب الجمعة للحوثيين ، وكما اتهمته الحكومة اليمنية بعمالته لحزب الله اللبناني إلا أن حزب الله اللبناني نفى أن تكون له صلة بالحوثيين إضافة لنفي الحوثيين تلك التهم. ورغم كل تلك الاتهامات إلا أنه في الحادي والعشرين من أغسطس 2013م اعترفت الحكومة اليمنية اعتراف رسمي بأن الحروب التي شنها نظام علي عبد الله صالح على حسين بدر الدين الحوثي وجماعته بأنها كانت حروب ظالمة وغير مشروعة وقدمت اعتذار رسمي لهم وأعلنت الحكومة اليمنية اعتذارها الرسمي لكل أبناء محافظة صعدة والمناطق المجاورة لها عن تلك الحروب. [13] مقتله أعلن الجيش اليمني قتله لحسين بدر الدين الحوثي في الحرب الأولى عام 2004م، بعدها قامت 5 حروب أخرى قاد فيها المعارك أخوه الأصغر عبد الملك الحوثي بينما قدم الأخ الثالث يحيى بدر الدين الحوثي طلب اللجوء السياسي في ألمانيا ، سلم جثمانه لجماعته بتاريخ 5 يونيو 2013 وأقاموا له تشييع لجنازته وحضر العديد من اتباعه من مختلف محافظات الجمهورية اليمنية لتشيع جنازته ودفن بمران.
ولد في مدينة ضحيان بمحافظة صعدة في المملكة المتوكلية اليمنية (دولة قامت في شمال اليمن من سنة 1918 حتى سنة 1970). وأحد الأعضاء المؤسسين لحزب الحق اليمني. كان الزعيم الروحي لجماعة أنصار الله الزيدية المسلحة المعروفة باسم «الحوثيين». وهو والد عبد الملك الحوثي (الزعيم الحالي لجماعة أنصار الله وحسين (مؤسس جماعة «الشباب المؤمن» التي أصبحت فيما بعد جماعة انصار الله) ويحيى (عضو سابق في مجلس النواب اليمني). مؤلفاته [ عدل] من هم الرافضة. تفسير جزء تبارك وجزء عم. التيسير في التفسير تحرير الأفكار عن تقليد الأشرار. الزيدية في اليمن. الغارة السريعة في الرد على الطليعة لإيجاز في الرد على فتاوى الحجاز شرح أمالي الإمام أحمد بن عيسى بن زيد بن علي عليهم السلام طرق تفسير القرآن الكريم كشف الغمة في مسألة اختلاف الأمة المجموعة الوافية في الفئة الباغية القاضب الخافض لهامات النواصب التحذير من الفرقة أحاديث مختارة في فضائل أهل البيت عليهم السلام. إرشاد الطالب إلى أحسن المذاهب. إيضاح المعالم في الرقى والتمائم. بيان الرهان من القرآن على تخليد أولياء الشيطان في النيران. التبيين في الضم والتمين. آل محمد ليسوا كل الأمة.
اعترض بدر الدين الحوثي على هذه الفتوى بشدَّة، خاصة أنه من فرقة "الجارودية"، وهي إحدى فرق الزيدية التي تتقارب في أفكارها نسبيًّا مع الاثني عشرية. وتطوَّر الأمر أكثر مع بدر الدين الحوثي، حيث بدأ يدافع بصراحة عن المذهب الاثني عشري، بل إنه أصدر كتابًا بعنوان "الزيدية في اليمن"، يشرح فيه أوجه التقارب بين الزيدية والاثني عشرية؛ ونظرًا للمقاومة الشديدة لفكره المنحرف عن الزيدية، فإنّه اضطر إلى الهجرة إلى طهران حيث عاش هناك عدة سنوات. وعلى الرغم من ترك بدر الدين الحوثي للساحة اليمنية إلا أن أفكاره الاثني عشرية بدأت في الانتشار، خاصة في منطقة صعدة والمناطق المحيطة، وهذا منذ نهاية التسعينيات، وتحديدًا منذ سنة 1997م، وفي نفس الوقت انشقَّ ابنه حسين بدر الدين الحوثي عن حزب الحق، وكوَّن جماعة خاصة به، وكانت في البداية جماعة ثقافية دينية فكرية، بل إنها كانت تتعاون مع الحكومة لمقاومة المد الإسلامي السُّنِّي المتمثل في حزب التجمع اليمني للإصلاح، ولكن الجماعة ما لبثت أن أخذت اتجاهًا معارضًا للحكومة ابتداءً من سنة 2002م. وفي هذه الأثناء توسَّط عدد من علماء اليمن عند الرئيس علي عبد الله صالح لإعادة بدر الدين الحوثي إلى اليمن، فوافق الرئيس، وعاد بدر الدين الحوثي إلى اليمن ليمارس من جديد تدريس أفكاره لطلبته ومريديه.
ويجب على العالم الإسلامي أن يقف مع اليمن في هذه الأزمة، وإلاّ أحاط المشروع الشيعي بالعالم الإسلامي من كل أطرافه، والأهم من ذلك أن يُعيد شعب اليمن حساباته وينظر إلى مصلحة اليمن، وأن هذه المصلحة تقتضي الوحدة، وتقتضي الفكر السليم، وتقتضي التجمُّع على كتاب الله وسُنَّة رسوله، وعندها سنخرج من أزماتنا، ونبصر حلول مشاكلنا. ونسأل الله أن يُعِزَّ الإسلام والمسلمين.
وخلال مشاركته، عبر الفيديو، في مؤتمر "منبر القدس "، في وقت سابق اليوم، قال الحوثي إنّ "اليمن ثابت في موقفه تجاه فلسطين". وأكد الحوثي أنّ "يوم القدس العالمي هو مناسبة لتذكير الأمة بمسؤوليتها، ولتوحيدها بشأن هذه القضية"، مشدّداً على أنّ اليمن "ثابت في موقفه الواضح والصريح والمبدئي والديني بشأن التمسك بحق الشعب الفلسطيني".
ويقول الباحث محمد مصطفى العمراني، في مقال حول أفكار حسين الحوثي، الذي يُتبع أنصاره اسمه بتعبير "عليه السلام" إن الأخير "كان مصمما على مشروعه وهو بناء حزب إيراني في اليمن على غرار حزب الله واستعادة السلطة له بزعمهم آل البيت وهم أحق بالسلطة المغتصبة. " ويستعرض الباحث في مقاله العديد من المراجع التي تدل على الموقف الفكري للحوثي من أصحاب النبي محمد، وهم شخصيات محورية في المذهبي السني، ويخص الحوثي بالانتقاد الخلفاء أبوبكر وعمر وعثمان، ويشدد على مهاجمة عمر بن الخطاب وتحميله مسؤولية "كل معاناة وقعت للأمة. "