لنشأة الجامعة قصة طويلة، فبعد عودته من الأسر ونجاته من الموت في المعركة التي هزم فيها الجيش الأنجلو - مصري القوى الوطنية السودانية عام 1898 ، استقر الجندي الشاب بابكر بدري في قرية رفاعة على الضفة الشرقية النيل الأزرق للنيل الأزرق (نحو 150 كيلومتراً جنوب الخرطوم)، وهناك أنشأ مدرسة علمانية مختلفة عن مدرسة دينية المدارس الدينية التقليدية. ولأنه - إضافةً إلى تدينه الملحوظ والاحترام الذي يحظى به لتمكنه من علوم القرآن الكريم - كان صاحب أفكار ثورية راديكالية ، ويؤمن في ذلك الوقت بضرورة حصول الفتيات على قدر من التعليم يمكنهن من خلق شراكة وتفاهم مستنير مع أزواجهن، وربما يرجع ميله هذا لأنه كان لديه ثلاث عشرة بنتاً، مما يمكن أن يفسر تأثره وحبه للبنات وإصراره على تعليمهن. ويذكر بابكر بدري، كما ورد في التعريف بسيرة الجامعة على موقعها في شبكة الإنترنت، أنه طلب من السلطات البريطانية في عام 1904 منحه إذناً لتأسيس مدرسة ابتدائية للبنات في رفاعة وخوفاً من رد فعل سلبي مناهض لإنشاء المدرسة، لوجود فهم شعبي مناهض لتعليم البنات وقتها، لم توافق الإدارة البريطانية على طلبه، ورفض له أيضا طلب مماثل في عام 1906.
لكن لماذا تَشعُرينَ بالحيرة؟ هل تكمن حيرتُكِ في التخصُّص، أو في الجامعة؟ على أيَّة حال، صَلِّي صلاةَ استخارة، وألحِّي على الله - تعالى- كي يُلهمَكِ التوفيق، وحسن الاختيار. دعواتي لكِ بالتوفيق والنجاح، وراحة البال، متمنيةً أن أراكِ مستقبلاً، وقد أصبحتِ مختصَّةً نفسيَّة مميَّزة يُشار إليها بالبنان. دمتِ بألف خير، ولا تنسيني من صالِح دعائك. مرحباً بالضيف
– كلية دار الحكمة الأهلية للبنات في جدة ، قسم القانون.
وتسعى الجامعة لإعداد نساء متعلمات ومؤثرات في مجتمعهن بعيدا عن الأنشطة السياسية، وهو الشيء الذي تختلف فيه جامعة الأحفاد عن بقية مؤسسات التعليم العالي السودانية، التي لها تاريخ طويل من النشاط السياسي الذي ي ه الطلاب، ويؤدي في حالات كثيرة إلى إغلاق الجامعات بسبب احتجاجات طلابها السياسية، أما الأحفاد فتركز على التعليم والأكاديميات، ولا تبيح لطالباتها الخوض في الصراع السياسي داخل الحرم الجامعي، دون أن تتدخل في أنشطتهن السياسية خارجه وفي وقتهن الخاص. دليل الجامعات في الاحساء/السعودية. وتشدد جامعة الأحفاد على الالتزام بمستويات عالمية للتعليم لإعداد نساء قياديات في بيئة غير سياسية، تماشياً مع فلسفتها في إعداد النساء لتولي المناصب الحديثة والقيادة والتعليم واللغة الإنكليزية. يقول رئيس الجامعة البروفسور قاسم بدري في حديثه صحيفة الشرق الأوسط للشرق الأوسط ، إن جامعته تختص بكل ما يهم الأسرة وصحة الأمومة والطفولة ورياض الأطفال والعلوم الصحية، مثلما تعنى بالصحة الإنجابية والتغذية والتنمية الريفية، وكل ما من شأنه زيادة رفاهية المجتمع والمرأة. ويضيف بدري أن جامعته تسعى لتطوير كليات الدراسات العليا والبنى التحتية، بما يجعلها تضاهي جامعات العالم المتطور، ولا سيما أن خريجاتها لعبن دوراً كبيراً وأثرن في مجتمعاتهن، وبعضهن أصبحن وزيرات في السودان و جزر القمر و جنوب السودان.