يتكوّن البلاستوسيست من التجويف الأمينوسي، ويتشكّل الجنين. يُغذّي التجويف الأمينوسي الجنين حتى تتكون المشيمة التي ستُصبح فيما بعد هي المسؤولة عن التغذية أي بعد مرور ما لا يقل عن ثمانية أسابيع من بداية الحمل. يتكوّن الحبل السري ويبدأ وظيفته بشكل جزئي. شكل الجنين في الأسبوع الثالث يكون حجم الجنين بحجم بذرة الخشخاش. يحاط الجنين بكيس الحمل والسوائل لحمايته. يتكوّن الجنين في هذه المرحلة من ثلاث طبقات من الخلايا، الطبقة الخارجيّة، والطبقة الوسطى، والطبقة الداخليّة. تُشكّل الطبقة الخارجيّة لاحقاً الجلد، والشعر، وعدسات العين، وبطانة الأذن الخارجيّة والداخليّة، والأنف، والجيوب، والفم، وفتحة الشرج، ومينا الأسنان، وغدة الثدي، والجهاز العصبي. تُشكّل الطبقة الوسطى الجهاز العصبي، والدماغ، والمعدة، والعظام، والأعضاء الداخليّة في المراحل القادمة. تُشكّل الطبقة الداخلية بعد ذلك كلّاً من بطانة الرئتين، واللسان، واللوزتين، والإحليل، والغدد المرافقة، والمثانة، والقناة الهضميّة. يُشبه الجنين حبة الكمثرى، ويُمكن رؤيته عن طريق جهاز الأشعة فوق الصوتيّة. يُمكن ملاحظة نبض قلب الجنين. يُشكّل الجزء الدائري رأس الجنين، والجزء المسنن سيكوّن العمود الفقري فيما بعد.
أسلوب الحياة: إدمان التدخين شرب الكحول الاستخدام أدوية منع الحمل، واستخدام أدوية ضارة بالحمل. التعرض للمواد الكيميائية الضارة واسامةالمذيبات والمواد الكيميائية ذات الرائحة النفاذة من عوامل خطر الإجهاض. مشاكل صحية: مشاكل في الهرمونات مثل تكيس المبايض والجسم الأصفر، مشاكل في وظيفة الغدة الدرقية.
في هذه المرحلة يبلغ طول الجنين قرابة 1, 25 سنتيمتر، ويكون الرأس بحجم أكبر من حجم الجسم، ويبدأ الذيل في الاختفاء ليأخذ الجنين شكل شبيه بشكل الإنسان الطبيعي، وتبدأ ملامح الوجه في التكوين، فتظهر نقطتان سوداوان تمهيداً لتكون العينين، ويبدأ الفكين والأسنان في النمو. نلاحظ بتلك الفترة ظهور نتوءات بالجنين تبدأ في التكوين لتمهد لتكوين القدمين واليدين، وبالتدريج تصبح تلك النتوءات واضحة بشكل بارز لتكون المعصمين والكاحلين ليكتسبوا القدرة على الانثناء، وفي نفس الوقت يبدأ الكبد والألياف العضلية والغدة النخامية الكبد والكليتين في التشكل، ومع كل ذلك يظل جلد الجنين ذو بشرة شبه شفافة. يبدأ الكبد في الشهر الثاني بأداء وظيفته من خلال ضخ كمية كبيرة من خلايا الدم الحمراء بهدف المساعدة في تكوين عظام الجسم، لتبدأ بعد ذلك مرحلة جديدة للعضلات والأعصاب للبدء في أداء وظائفهم الحيوية داخل جسم الجنين.